A survey of preprocessing techniques for flow cytometry data in classification tasks.
Autores: Nunez-Nepomuceno D, Saez JA, Carmona-Saez P
09/2025 - IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
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Las tecnologías ómicas y las nuevas técnicas experimentales permiten cuantificar simultáneamente miles de variables biológicas y generar grandes volúmenes de datos.
Esta cantidad de información requiere el uso de técnicas de análisis apropiadas para manejar y extraer conocimiento de estos conjuntos de datos masivos.
Inicio - Área de Medicina Personalizada - Línea Estratégica 3: Detección, Diagnóstico, Seguimiento y Pronóstico de Enfermedades - Bioinformática y Ciencia de Datos en Salud
Las tecnologías ómicas y las nuevas técnicas experimentales permiten cuantificar simultáneamente miles de variables biológicas y generar grandes volúmenes de datos. Esta cantidad de información requiere el uso de técnicas de análisis apropiadas para manejar y extraer conocimiento de estos conjuntos de datos masivos. Nuestras principales líneas de investigación se centran en desarrollar y aplicar nuevos métodos computacionales y estadísticos para la integración y análisis de datos multiómicos y biomédicos, con el objetivo de lograr una mejor comprensión de los mecanismos moleculares asociados a enfermedades complejas, así como avanzar en su diagnóstico y tratamiento. En concreto, estamos interesados en desarrollar aplicaciones y metodologías en diferentes contextos:
El crecimiento de las técnicas ómicas ha provocado una explosión en la disponibilidad de datos en repositorios públicos. Con las metodologías adecuadas, estos datos son una fuente invaluable para generar nuevos conocimientos, hipótesis y modelos predictivos. En nuestro grupo hemos desarrollado nuevos métodos y software basados en técnicas de metaanálisis e integración de datos, aplicados al descubrimiento de biomarcadores y al análisis de anotaciones funcionales, entre otros campos.
Estamos creando algoritmos para establecer firmas ómicas que definan nuevos modelos de clasificación y orienten en la predicción de respuestas a tratamientos o pronóstico de patologías, integrando también información de historias clínicas electrónicas. En este contexto, contamos con diversas colaboraciones con otros grupos expertos en diferentes patologías como las enfermedades autoinmunes y el cáncer.
Uno de nuestros objetivos es también desarrollar aplicaciones de código abierto que pongan nuestras metodologías a disposición de la comunidad científica. Estas aplicaciones se utilizan ampliamente para analizar datos biomédicos. La lista de software desarrollado está disponible en https://compbio.ugr.es/tools/.
Nuestra investigación tiene un componente altamente multidisciplinar, lo que nos permite establecer sinergias con otros grupos que han dado como resultado patentes y proyectos conjuntos con un claro enfoque traslacional. Algunas de nuestras metodologías también se han implementado en paquetes de software de código abierto, que son utilizados globalmente por grupos de investigación para extraer información de datos biomédicos y generar nuevo conocimiento en diversas áreas.
Participamos activamente en diferentes redes y consorcios de bioinformática que potencian la visibilidad nacional e internacional del centro en estos ámbitos, como TransBionet (Translational Bioinformatics Network ) en el que el Dr. Pedro Carmona ha sido co-IP en los proyectos “Redes de Excelencia ”. Promovemos la participación en proyectos colaborativos con otros grupos para abordar desafíos complejos con un fuerte componente científico inter y multidisciplinario. Apostamos por mantener altos criterios de excelencia y calidad en nuestras publicaciones, alineados con el centro, con un porcentaje > 85% en el primer trimestre.
Formamos parte de un grupo de trabajo para solicitar una subvención ERC Synergy (ya hemos participado en la última convocatoria, y aunque nuestra propuesta no ha sido concedida, hemos reforzado la propuesta de investigación para futuras convocatorias). Tenemos colaboraciones consolidadas con diferentes grupos internacionales, como el Dr. Julio Sáez (Jefe de investigación de EBI_EMBL) o el Dr. Giusepe Jurgan (Jefe de la Unidad de Ciencia de Datos para la Salud), con proyectos conjuntos y movilidad de estudiantes (predoctorado y postdoc). Planeamos lanzar propuestas de acciones Marie Curie y COST
Autores: Nunez-Nepomuceno D, Saez JA, Carmona-Saez P
09/2025 - IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
Autores: Caracuel-Peramos R, Rodríguez-Baena FJ, Redondo-García S, Villatoro-García JA, García-Muñoz A, Peris-Torres C, Plaza-Calonge MDC, Rubio-Gayarre A, López-Millán B, Ricciardelli C, Russell DL, Carmona-Sáez P, Rodríguez-Manzaneque JC
12/2025 - Oncoimmunology
Autores: Martorell-Marugán J, López-Domínguez R, Villatoro-García JA, Toro-Domínguez D, Chierici M, Jurman G, Carmona-Sáez P
11/2024 - Briefings in bioinformatics
Autores: Ellson I, Martorell-Marugán J, Carmona-Sáez P, Ramos-Mejia V
08/2024 - NPJ genomic medicine
Autores: López-Domínguez R, Villatoro-García JA, Marañón C, Goldman D, Petri M, Carmona-Sáez P, Alarcón-Riquelme M, Toro-Dominguez D
01/2024 - Research square
Autores: Toro-Domínguez D, Martorell-Marugán J, Martinez-Bueno M, López-Domínguez R, Carnero-Montoro E, Barturen G, Goldman D, Petri M, Carmona-Sáez P, Alarcón-Riquelme ME
11/2023 - Briefings in bioinformatics
Autores: Erawijantari PP, Kartal E, Liñares-Blanco J, Laajala TD, Feldman LE, FINRISK Microbiome DREAM Challenge and ML4Microbiome Communities, Carmona-Saez P, Shigdel R, Claesson MJ, Bertelsen RJ, Gomez-Cabrero D, Minot S, Albrecht J, Chung V, Inouye M, Jousilahti P, Schultz JH, Friederich HC, Knight R, Salomaa V, Niiranen T, Havulinna AS, Saez-Rodriguez J, Levinson RT, Lahti L
10/2023 - medRxiv : the preprint server for health sciences
Autores: Villatoro-García JA, López-Domínguez R, Martorell-Marugán J, Luna JD, Lorente JA, Carmona-Sáez P
11/2023 - The Science of the total environment
Autores: Domingo-Reinés J, Montes R, Garcia-Moreno A, Gallardo A, Sanchez-Manas JM, Ellson I, Lamolda M, Calabro C, López-Escamez JA, Catalina P, Carmona-Sáez P, Real PJ, Landeira D, Ramos-Mejia V
06/2023 - Cell death & disease
Autores: Asenjo HG, Alcazar-Fabra M, Espinosa-Martínez M, Lopez-Onieva L, Gallardo A, Dimitrova E, Feldmann A, Pachano T, Martorell-Marugán J, Carmona-Sáez P, Sanchez-Pozo A, Rada-Iglesias Á, Klose RJ, Landeira D
01/2023 - Nature communications
Autores: Martorell-Marugán J, Chierici M, Jurman G, Alarcón-Riquelme ME, Carmona-Sáez P
01/2023 - Computers in biology and medicine
Autores: Fernandez-Jimenez N, Fore R, Cilleros-Portet A, Lepeule J, Perron P, Kvist T, Tian FY, Lesseur C, Binder AM, Lozano M, Martorell-Marugán J, Loke YJ, Bakulski KM, Zhu Y, Forhan A, Sammallahti S, Everson TM, Chen J, Michels KB, Belmonte T, Carmona-Sáez P, Halliday J, Daniele Fallin M, LaSalle JM, Tost J, Czamara D, Fernández MF, Gómez-Martín A, Craig JM, Gonzalez-Alzaga B, Schmidt RJ, Dou JF, Muggli E, Lacasaña M, Vrijheid M, Marsit CJ, Karagas MR, Räikkönen K, Bouchard L, Heude B, Santa-Marina L, Bustamante M, Hivert MF, Bilbao JR
11/2022 - Communications biology
Autores: Femia P, Melchor J, Carmona-Saez P
08/2022 - Frontiers in physiology
Autores: Toro-Domínguez D, Martorell-Marugán J, Martinez-Bueno M, López-Domínguez R, Carnero-Montoro E, Barturen G, Goldman D, Petri M, Carmona-Sáez P, Alarcón-Riquelme ME
09/2022 - Briefings in bioinformatics
Autores: Gallardo A, Molina A, Asenjo HG, Lopez-Onieva L, Martorell-Marugán J, Espinosa-Martinez M, Griñan-Lison C, Alvarez-Perez JC, Cara FE, Navarro-Marchal SA, Carmona-Sáez P, Medina PP, Marchal JA, Granados-Principal S, Sánchez-Pozo A, Landeira D
07/2022 - Oncogene
Autores: Aparicio-Puerta E, Gómez-Martín C, Giannoukakos S, Medina JM, Scheepbouwer C, García-Moreno A, Carmona-Saez P, Fromm B, Pegtel M, Keller A, Marchal JA, Hackenberg M
07/2022 - Nucleic acids research
Autores: Garcia-Moreno A, López-Domínguez R, Villatoro-García JA, Ramirez-Mena A, Aparicio-Puerta E, Hackenberg M, Pascual-Montano A, Carmona-Saez P
03/2022 - Biomedicines
Autores: Pozo-Agundo A, Villaescusa N, Martorell-Marugán J, Soriano O, Leyva S, Jódar-Reyes AB, Botella LM, Carmona-Sáez P, Blanco FJ
08/2021 - International journal of molecular sciences
Autores: Everson TM, Vives-Usano M, Seyve E, Cardenas A, Lacasaña M, Craig JM, Lesseur C, Baker ER, Fernandez-Jimenez N, Heude B, Perron P, Gónzalez-Alzaga B, Halliday J, Deyssenroth MA, Karagas MR, Íñiguez C, Bouchard L, Carmona-Sáez P, Loke YJ, Hao K, Belmonte T, Charles MA, Martorell-Marugán J, Muggli E, Chen J, Fernández MF, Tost J, Gómez-Martín A, London SJ, Sunyer J, Marsit CJ, Lepeule J, Hivert MF, Bustamante M
08/2021 - Nature communications
Autores: Martorell-Marugán J, Carmona-Sáez P
06/2021 - Bio-protocol
Autores: Peinado P, Andrades A, Martorell-Marugán J, Haswell JR, Slack FJ, Carmona-Sáez P, Medina PP
11/2021 - Human molecular genetics
Autores: Martorell-Marugán J, López-Domínguez R, García-Moreno A, Toro-Domínguez D, Villatoro-García JA, Barturen G, Martín-Gómez A, Troule K, Gómez-López G, Al-Shahrour F, González-Rumayor V, Peña-Chilet M, Dopazo J, Sáez-Rodríguez J, Alarcón-Riquelme ME, Carmona-Sáez P
06/2021 - BMC bioinformatics
Autores: Lopez-Dominguez R, Toro-Dominguez D, Martorell-Marugan J, Garcia-Moreno A, Holland CH, Saez-Rodriguez J, Goldman D, Petri MA, Alarcon-Riquelme ME, Carmona-Saez P
04/2021 - Life (Basel, Switzerland)
Autores: Barturen G, Babaei S, Català-Moll F, Martínez-Bueno M, Makowska Z, Martorell-Marugán J, Carmona-Sáez P, Toro-Domínguez D, Carnero-Montoro E, Teruel M, Kerick M, Acosta-Herrera M, Le Lann L, Jamin C, Rodríguez-Ubreva J, García-Gómez A, Kageyama J, Buttgereit A, Hayat S, Mueller J, Lesche R, Hernandez-Fuentes M, Juarez M, Rowley T, White I, Marañón C, Gomes Anjos T, Varela N, Aguilar-Quesada R, Garrancho FJ, López-Berrio A, Rodriguez Maresca M, Navarro-Linares H, Almeida I, Azevedo N, Brandão M, Campar A, Faria R, Farinha F, Marinho A, Neves E, Tavares A, Vasconcelos C, Trombetta E, Montanelli G, Vigone B, Alvarez-Errico D, Li T, Thiagaran D, Blanco Alonso R, Corrales Martínez A, Genre F, López Mejías R, Gonzalez-Gay MA, Remuzgo S, Ubilla Garcia B, Cervera R, Espinosa G, Rodríguez-Pintó I, De Langhe E, Cremer J, Lories R, Belz D, Hunzelmann N, Baerlecken N, Kniesch K, Witte T, Lehner M, Stummvoll G, Zauner M, Aguirre-Zamorano MA, Barbarroja N, Castro-Villegas MC, Collantes-Estevez E, de Ramon E, Díaz Quintero I, Escudero-Contreras A, Fernández Roldán MC, Jiménez Gómez Y, Jiménez Moleón I, Lopez-Pedrera R, Ortega-Castro R, Ortego N, Raya E, Artusi C, Gerosa M, Meroni PL, Schioppo T, De Groof A, Ducreux J, Lauwerys B, Maudoux AL, Cornec D, Devauchelle-Pensec V, Jousse-Joulin S, Jouve PE, Rouvière B, Saraux A, Simon Q, Alvarez M, Chizzolini C, Dufour A, Wynar D, Balog A, Bocskai M, Deák M, Dulic S, Kádár G, Kovács L, Cheng Q, Gerl V, Hiepe F, Khodadadi L, Thiel S, de Rinaldis E, Rao S, Benschop RJ, Chamberlain C, Dow ER, Ioannou Y, Laigle L, Marovac J, Wojcik J, Renaudineau Y, Borghi MO, Frostegård J, Martín J, Beretta L, Ballestar E, McDonald F, Pers JO, Alarcón-Riquelme ME
06/2021 - Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
Autores: Garcia-Moreno A, Carmona-Saez P
08/2020 - Biomolecules
Autores: Martorell-Marugán J, Villatoro-García JA, García-Moreno A, López-Domínguez R, Requena F, Merelo JJ, Lacasaña M, de Dios Luna J, Díaz-Mochón JJ, Lorente JA, Carmona-Sáez P
01/2021 - The Science of the total environment
Autores: Troulé K, López-Fernández H, García-Martín S, Reboiro-Jato M, Carretero-Puche C, Martorell-Marugán J, Martín-Serrano G, Carmona-Sáez P, Glez-Peña D, Al-Shahrour F, Gómez-López G
05/2021 - Bioinformatics (Oxford, England)
Autores: Lopez-Caraballo L, Martorell-Marugan J, Carmona-Sáez P, Gonzalez-Munoz E
07/2020 - Cells
Autores: Lopez-Caraballo L, Martorell-Marugan J, Carmona-Saez P, Gonzalez-Muñoz E
08/2020 - iScience
Autores: Gallardo A, Molina A, Asenjo HG, Martorell-Marugán J, Montes R, Ramos-Mejia V, Sanchez-Pozo A, Carmona-Sáez P, Lopez-Onieva L, Landeira D
04/2020 - Life science alliance
Autores: Peris-Torres C, Plaza-Calonge MDC, López-Domínguez R, Domínguez-García S, Barrientos-Durán A, Carmona-Sáez P, Rodríguez-Manzaneque JC
03/2020 - Cancers
Autores: Asenjo HG, Gallardo A, López-Onieva L, Tejada I, Martorell-Marugán J, Carmona-Sáez P, Landeira D
03/2020 - Science advances
Autores: Toro-Domínguez D, Villatoro-García JA, Martorell-Marugán J, Román-Montoya Y, Alarcón-Riquelme ME, Carmona-Sáez P
03/2021 - Briefings in bioinformatics
Autores: Carrillo-Gálvez AB, Gálvez-Peisl S, González-Correa JE, de Haro-Carrillo M, Ayllón V, Carmona-Sáez P, Ramos-Mejía V, Galindo-Moreno P, Cara FE, Granados-Principal S, Muñoz P, Martin F, Anderson P
05/2020 - Stem cells translational medicine
Autores: López-Longarela B, Morrison EE, Tranter JD, Chahman-Vos L, Léonard JF, Gautier JC, Laurent S, Lartigau A, Boitier E, Sautier L, Carmona-Saez P, Martorell-Marugan J, Mellanby RJ, Pernagallo S, Ilyine H, Rissin DM, Duffy DC, Dear JW, Díaz-Mochón JJ
02/2020 - Analytical chemistry
Autores: Husi H, Martorell-Marugán J, Tabik S, Benhammou Y, del Val C, Zwir I, Herrera F, Carmona-Sáez P
11/2019 -
Autores: Toro-Domínguez D, Lopez-Domínguez R, García Moreno A, Villatoro-García JA, Martorell-Marugán J, Goldman D, Petri M, Wojdyla D, Pons-Estel BA, Isenberg D, Morales-Montes de Oca G, Trejo-Zambrano MI, García González B, Rosetti F, Gómez-Martín D, Romero-Díaz J, Carmona-Sáez P, Alarcón-Riquelme ME
10/2019 - Scientific reports
Autores: Ramos-Molina B, Sánchez-Alcoholado L, Cabrera-Mulero A, Lopez-Dominguez R, Carmona-Saez P, Garcia-Fuentes E, Moreno-Indias I, Tinahones FJ
07/2019 - Frontiers in genetics
Autores: Requena F, Asenjo HG, Barturen G, Martorell-Marugán J, Carmona-Sáez P, Landeira D
05/2019 - Scientific reports
Autores: Martorell-Marugán J, González-Rumayor V, Carmona-Sáez P
09/2019 - Bioinformatics (Oxford, England)
Autores: Rodríguez-Martínez A, de Miguel-Pérez D, Ortega FG, García-Puche JL, Robles-Fernández I, Exposito J, Martorell-Marugan J, Carmona-Sáez P, Garrido-Navas MDC, Rolfo C, Ilyine H, Lorente JA, Legueren M, Serrano MJ
02/2019 - Breast cancer research : BCR
Autores: Toro-Domínguez D, Martorell-Marugán J, López-Domínguez R, García-Moreno A, González-Rumayor V, Alarcón-Riquelme ME, Carmona-Sáez P
03/2019 - Bioinformatics (Oxford, England)
Autores: Toro-Domínguez D, Martorell-Marugán J, Goldman D, Petri M, Carmona-Sáez P, Alarcón-Riquelme ME
12/2018 - Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
Autores: Alvarez-Cubero MJ, Santiago O, Martínez-Labarga C, Martínez-García B, Marrero-Díaz R, Rubio-Roldan A, Pérez-Gutiérrez AM, Carmona-Saez P, Lorente JA, Martinez-Gonzalez LJ
06/2018 - Scientific reports
Autores: Martorell-Marugan J, Toro-Dominguez D, Alarcon-Riquelme ME, Carmona-Saez P
12/2017 - BMC bioinformatics
Autores: Herrera-Merchan A, Cuadros M, Rodriguez MI, Rodriguez S, Torres R, Estecio M, Coira IF, Loidi C, Saiz M, Carmona-Saez P, Medina PP
10/2017 - Oncotarget
Autores: Carmona-Sáez P, Varela N, Luque MJ, Toro-Domínguez D, Martorell-Marugan J, Alarcón-Riquelme ME, Marañón C
12/2017 - Bioinformatics (Oxford, England)
Autores: Toro-Domínguez D, Carmona-Sáez P, Alarcón-Riquelme ME
03/2017 - Arthritis research & therapy
Autores: Díaz-Villamarín X, Dávila-Fajardo CL, Martínez-González LJ, Carmona-Sáez P, Sánchez-Ramos J, Álvarez Cubero MJ, Salmerón-Febres LM, Cabeza Barrera J, Fernández-Quesada F
08/2016 - Pharmacogenomics
Autores: Melero JT, Ortega FG, Gonzalez AM, Carmona-Saez P, Garcia Puche JL, Sugarbaker PH, Delgado M, Lorente JA, Serrano MJ
03/2016 - Surgery
Autores: Alvarez-Cubero MJ, Martinez-Gonzalez LJ, Saiz M, Carmona-Saez P, Alvarez JC, Pascual-Geler M, Lorente JA, Cozar JM
08/2015 - Experimental & molecular medicine
Autores: Gómez Peña C, Dávila-Fajardo CL, Martínez-González LJ, Carmona-Sáez P, Soto Pino MJ, Sánchez Ramos J, Moreno Escobar E, Blancas I, Fernández JJ, Fernández D, Correa C, Cabeza Barrera J
08/2015 - Pharmacogenetics and genomics
Autores: Toro-Domínguez D, Carmona-Sáez P, Alarcón-Riquelme ME
12/2014 - Arthritis research & therapy
Autores: Vazquez M, Nogales-Cadenas R, Arroyo J, Botías P, García R, Carazo JM, Tirado F, Pascual-Montano A, Carmona-Saez P
07/2010 - Nucleic acids research
Autores: Kökény S, Papp J, Weber G, Vaszkó T, Carmona-Saez P, Oláh E
06/2009 - Anticancer research
Autores: Nogales-Cadenas R, Carmona-Saez P, Vazquez M, Vicente C, Yang X, Tirado F, Carazo JM, Pascual-Montano A
07/2009 - Nucleic acids research
Autores: Vazquez M, Carmona-Saez P, Nogales-Cadenas R, Chagoyen M, Tirado F, Carazo JM, Pascual-Montano A
07/2009 - Nucleic acids research
Autores: Recuero M, Vicente MC, Martínez-García A, Ramos MC, Carmona-Saez P, Sastre I, Aldudo J, Vilella E, Frank A, Bullido MJ, Valdivieso F
04/2009 - Aging cell
Autores: Mejía-Roa E, Carmona-Saez P, Nogales R, Vicente C, Vázquez M, Yang XY, García C, Tirado F, Pascual-Montano A
07/2008 - Nucleic acids research
Autores: Abascal F, Carmona-Saez P, Carazo JM, Pascual-Montano A
05/2008 - Bioinformatics (Oxford, England)
Autores: Anton MA, Gorostiaga D, Guruceaga E, Segura V, Carmona-Saez P, Pascual-Montano A, Pio R, Montuenga LM, Rubio A
01/2008 - Genome biology
Autores: Carmona-Saez P, Chagoyen M, Tirado F, Carazo JM, Pascual-Montano A
01/2007 - Genome biology
Autores: Pascual-Montano A, Carmona-Saez P, Chagoyen M, Tirado F, Carazo JM, Pascual-Marqui RD
07/2006 - BMC bioinformatics
Autores: Chagoyen M, Carmona-Saez P, Gil C, Carazo JM, Pascual-Montano A
07/2006 - BMC bioinformatics
Autores: Hernández-Vargas H, Ballestar E, Carmona-Saez P, von Kobbe C, Bañón-Rodríguez I, Esteller M, Moreno-Bueno G, Palacios J
09/2006 - International journal of cancer
Autores: Carmona-Saez P, Pascual-Marqui RD, Tirado F, Carazo JM, Pascual-Montano A
02/2006 - BMC bioinformatics
Autores: Carmona-Saez P, Chagoyen M, Rodriguez A, Trelles O, Carazo JM, Pascual-Montano A
02/2006 - BMC bioinformatics
Autores: Chagoyen M, Carmona-Saez P, Shatkay H, Carazo JM, Pascual-Montano A
01/2006 - BMC bioinformatics
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