Información general

Las tecnologías ómicas y las nuevas técnicas experimentales permiten cuantificar simultáneamente miles de variables biológicas y generar grandes volúmenes de datos. Esta cantidad de información requiere el uso de técnicas de análisis apropiadas para manejar y extraer conocimiento de estos conjuntos de datos masivos. Nuestras principales líneas de investigación se centran en desarrollar y aplicar nuevos métodos computacionales y estadísticos para la integración y análisis de datos multiómicos y biomédicos, con el objetivo de lograr una mejor comprensión de los mecanismos moleculares asociados a enfermedades complejas, así como avanzar en su diagnóstico y tratamiento. En concreto, estamos interesados en desarrollar aplicaciones y metodologías en diferentes contextos:

Métodos para el análisis integrado de datos multiómicos

El crecimiento de las técnicas ómicas ha provocado una explosión en la disponibilidad de datos en repositorios públicos. Con las metodologías adecuadas, estos datos son una fuente invaluable para generar nuevos conocimientos, hipótesis y modelos predictivos. En nuestro grupo hemos desarrollado nuevos métodos y software basados en técnicas de metaanálisis e integración de datos, aplicados al descubrimiento de biomarcadores y al análisis de anotaciones funcionales, entre otros campos.

Desarrollo de técnicas computacionales para establecer firmas moleculares y modelos de predicción de respuesta a fármacos y clasificación de pacientes

Estamos creando algoritmos para establecer firmas ómicas que definan nuevos modelos de clasificación y orienten en la predicción de respuestas a tratamientos o pronóstico de patologías, integrando también información de historias clínicas electrónicas. En este contexto, contamos con diversas colaboraciones con otros grupos expertos en diferentes patologías como las enfermedades autoinmunes y el cáncer.

Desarrollo de software y herramientas de análisis bioinformático

Uno de nuestros objetivos es también desarrollar aplicaciones de código abierto que pongan nuestras metodologías a disposición de la comunidad científica. Estas aplicaciones se utilizan ampliamente para analizar datos biomédicos. La lista de software desarrollado está disponible en https://compbio.ugr.es/tools/.

Impacto social

Nuestra investigación tiene un componente altamente multidisciplinar, lo que nos permite establecer sinergias con otros grupos que han dado como resultado patentes y proyectos conjuntos con un claro enfoque traslacional. Algunas de nuestras metodologías también se han implementado en paquetes de software de código abierto, que son utilizados globalmente por grupos de investigación para extraer información de datos biomédicos y generar nuevo conocimiento en diversas áreas.

Actividades para Fortalecer la Línea de Investigación Estratégica

Participamos activamente en diferentes redes y consorcios de bioinformática que potencian la visibilidad nacional e internacional del centro en estos ámbitos, como TransBionet (Translational Bioinformatics Network ) en el que el Dr. Pedro Carmona ha sido co-IP en los proyectos “Redes de Excelencia ”. Promovemos la participación en proyectos colaborativos con otros grupos para abordar desafíos complejos con un fuerte componente científico inter y multidisciplinario. Apostamos por mantener altos criterios de excelencia y calidad en nuestras publicaciones, alineados con el centro, con un porcentaje > 85% en el primer trimestre.

Internacionalización

Formamos parte de un grupo de trabajo para solicitar una subvención ERC Synergy (ya hemos participado en la última convocatoria, y aunque nuestra propuesta no ha sido concedida, hemos reforzado la propuesta de investigación para futuras convocatorias). Tenemos colaboraciones consolidadas con diferentes grupos internacionales, como el Dr. Julio Sáez (Jefe de investigación de EBI_EMBL) o el Dr. Giusepe Jurgan (Jefe de la Unidad de Ciencia de Datos para la Salud), con proyectos conjuntos y movilidad de estudiantes (predoctorado y postdoc). Planeamos lanzar propuestas de acciones Marie Curie y COST

Miembros

Investigador Principal - R4

Pedro Carmona

Investigadores - R3

Manuela Expósito Ruiz

Investigadores Postdoctorales - R2

Jordi Matorell

Investigadores Predoctorales - R1

Marina Vargas

Samuel Pérez Fernández

Pablo Pedro Jurado Bascón

Proyectos
Publicaciones