Genética de enfermedades complejas

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Dra. Marta Alarcón

Investigadora Principal

Información general

Áreas científicas de interés

Siguiendo la explosión de hallazgos en genética de los últimos 10 años, ha resultado claro que la contribución de los polimorfismos genéticos al desarrollo de las enfermedades complejas es limitada. Basados en esto, hemos definido formas novedosas de estudiar las enfermedades, en particular las enfermedades autoinmunes sistémicas utilizando la búsqueda de una visión de diagnóstico molecular y no clínico. El diagnóstico clínico tiene sus limitaciones. Este ha sido el objetivo del proyecto PRECISESADS financiado por la agencia de la Iniciative de Medicamentos Innovadores de la Unión Europea. El proyecto tiene por objetivo la estratificación molecular de las enfermedades autoinmunes sistémicas. Basados en esta estratificación molecular se busca ahora los mecanismos de no respuesta al tratamiento y de la remisión de las enfermedades. Este proyecto está siendo financiado por la misma agencia de la UE, el proyecto 3TR, ambos coordinados por la Dra Alarcón-Riquelme. El grupo de investigación está por tanto al frente de la investigación de las enfermedades mediadas por el sistema inmunitario bajo la coordinación de dos proyectos Europeos de gran envergadura. Se describen también otras áreas de investigación.

Líneas de investigación

  • Estudio de las bases genéticas en el Lupus Eritematoso Sistémico o generalizado (LES):
    El lupus eritematoso sistémico (LES) es una enfermedad compleja de etiología desconocida. Se caracteriza por la inflamación y daño tisular mediado por el sistema inmune. Hay evidencia sustancial de la contribución de factores genéticos que combinados con factores ambientales interactúan en el desarrollo de la enfermedad. El lupus tiene un componente genético importante ya que hasta un 8-12% de las mujeres con lupus tienen un familiar con la enfermedad. Nuestro grupo identificó, entre otros, el gen BANK1 con el que hemos estado trabajando varios años y del cual hemos averiguado que interactúa con otras moléculas de la vía de los receptores TOLL, como son MYD88 y TRAF6. Hemos visto que la deficiencia del gen en ratones que desarrollan lupus de forma espontánea, existe una disminución importante en la producción de citoquinas pro-inflamatorias y particularmente de la producción de IgG y autoanticuerpos, una característica de la enfermedad. En este proyecto estamos trabajando para describir nuevos genes de la enfermedad con variantes tanto comunes como raras y en colaboración con investigadores de varios países. También utilizamos la estratificación molecular para definir nuevas asociaciones genéticas de relevancia para las vías detrás del desarrollo de la enfermedad.
  • Estudio de la Estratificación Molecular de la enfermedad:
    Este estudio tiene como objetivo el uso integrado de la transcriptómica y la epigenómica en sangre y en tejidos relevantes o células de importancia en el desarrollo de las enfermedades mediadas por el sistema inmune y específicamente por las enfermedades autoinmunes sistémicas. De esta manera estamos definiendo las vías moleculares de la enfermedad. Esto llevará a nuevos diagnósticos moleculares y a potenciar la medicina personalizada. Puede encontrarse más información en www.precisesads.eu.
  • Estudio de los mecanismos de no respuesta a tratamiento:
    Este es un proyecto nuevo financiado por la Unión Europea (3tr-imi.eu). El proyecto estratificará a pacientes en base a los datos de transcriptómica y epigenómica de sangre y tejidos para la identificación de las dianas mas propicias para el tratamiento y prevenir daño tisular. Un estudio clínico prospectivo junto con estudios clínicos ya iniciados serán analizados para lograr los mejores resultados hacia la compensión de dichos mecanismos. Hasta un 30% de los pacientes tratados no responden a las terapias. Habiendo descartado la falta de adherencia a la medicación recetada o la presencia de anticuerpos anti droga en el caso de los medicamentos biológicos, nuevos mecanismos moleculares serán investigados. Este estudio tuvo su comienzo en septiembre del 2019.

Plataformas tecnológicas

    • Equipo NextSeq 500 de nueva generación
    • Illumina iScan: Equipo de genotipado de alto rendimiento.
    • Equipo de citometría de masas Helios/Fluidigm
    • Varios equipos de citometría de flujo, imágen y sorting.
    • Microscopía confocal

Agencias financiadoras de los proyectos del grupo

    • European Science Foundation financiada por fondos de FMR (Austria), FNRS (Bélgica), FWO (Bélgica), RPF (Chipre), Danish Medical Research Council, DFG (Alemania), FCT (Portugal), CSIC (España, MICINN (España), Swedish Research Council, SNF (Suiza), MRC (Reino Unido). (2009-2014)
    • Instituto de Salud Carlos III (FIS, Miguel Servet, Rio Hortega and Sara Borrell programs) (2009-2015)
    • Ministerio de Economía y Competitividad, Plan Estatal de fomento de la Investigación Científica de Excelencia 2016 (2017-2020)
    • Swedish Research Council (2009-2013 and 2017-2020)
    • Fundación Ramón Areces (2011-2015)
    • Innovative Medicines Initiative Program of the European Unión (2014-2018): special funding of the project PRECISESADS
    • Innovative Medicines Initiative Program of the European Union (2019-2026): special funding of the project 3TR

Información complementaria

Colaboraciones internacionales: La Dra Alarcón-Riquelme lidera la entidad gestora del proyecto PRECISESADS (equivalente a coordinadora científica) del IMI sobre la «Reclasificación Molecular de las Enfermedades Autoinmunes Sistémicas» que reúne a 21 centros académicos europeos, 2 PyMES y 5 grandes farmacéuticas. Ella coordina el proyecto 3TR: Tratamiento, dianas, taxonomía y remisión: Identificación de los mecanismos moleculares de no respuesta a tratamiento, recaídas y remisión en enfermedades autoinmunes, inflamatorias y alérgicas. Este proyecto incluye a 58 grupos académicos, 3 PyMES y 8 grandes farmacéuticas.

Publicaciones

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Proyectos

Programa Emergia
Financiador: CONSEJERÍA DE UNIVERSIDAD, INVESTIGACIÓN E INNOVACIÓN
Expediente: EMC21_00357
Cantidad total: 160.000,00 €
Tiempo ejecución: 01/01/2023 - 01/12/2026
IP: ELENA CARNERO
PARKPRECISE: Integración de datos multi-ómicos para la medicina de precisión en la enfermedad de Parkinson
Financiador: CONSEJERÍA DE UNIVERSIDAD, INVESTIGACIÓN E INNOVACIÓN
Expediente: ProyExcel_00978
Cantidad total: 202.111,19 €
Tiempo ejecución: 01/12/2022 - 01/11/2025
IP: MARTA ALARCON RIQUELME
FEDER: Fármacos frente a IFN-I para el tratamiento de enfermedades autoinmunes sistémicas.
Financiador: INSTITUTO DE SALUD CARLOS III
Expediente: PI21/01151
Cantidad total: 133.100,00 €
Tiempo ejecución: 01/01/2022 - 01/12/2024
IP: CONCEPCIÓN MARAÑÓN
FEDER: IDENTIFICACIÓN DE BIOMARCADORES MOLECULARES DE SUSCEPTIBILIDAD, PROGNOSIS E INFLAMACIÓN EN LA COVID19. INTEGRACIÓN DE DATOS MULTI-ÓMICOS EN ESTUDIOS LONGITUDINALES Y COMPARACIÓN CON ENFERMEDADES AUTOINMUNES.
Financiador: CONSEJERÍA DE SALUD Y CONSUMO
Expediente: PECOVID-0072-2020
Cantidad total: 122.250,00 €
Tiempo ejecución: 01/11/2021 - 01/10/2023
IP: ELENA CARNERO
Decifrando Nuevos Loci Genéticos y sus Consecuencias en la Patología de las Enfermedades Inflamatorias a Través de una Nueva Estrategia de Fenotipado Molecular (MOLIMMUGEN).
Financiador: AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN
Expediente: PID2020-113776GB-I00
Cantidad total: 266.200,00 €
Tiempo ejecución: 01/09/2021 - 01/08/2025
IP: MARTA ALARCON RIQUELME
Medicina de Precisión en enfermedades autoinmunes: Integración de datos omicos para descubrimiento de biomarcadores e inferencia de redes
Financiador: AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN
Expediente: PID2020-119032RB-I00
Cantidad total: 145.200,00 €
Tiempo ejecución: 01/09/2021 - 01/08/2024
IP: PEDRO CARMONA
Medicina genómica de precisión en enfermedades autoinmunes: Inferencia de redes de regulación y búsqueda de tratamientos
Financiador: CONSEJERÍA DE UNIVERSIDAD, INVESTIGACIÓN E INNOVACIÓN
Expediente: P20_00335
Cantidad total: 100.350,00 €
Tiempo ejecución: 01/07/2021 - 01/12/2022
IP: MARTA ALARCON RIQUELME
The Genetics of Inflammation - La Genética de la Inflamación
Financiador: CONSEJERÍA DE UNIVERSIDAD, INVESTIGACIÓN E INNOVACIÓN
Expediente: P20_00473
Cantidad total: 120.000,00 €
Tiempo ejecución: 01/07/2021 - 01/12/2022
IP: MARTA ALARCON RIQUELME
AUTOIMMOMICS: Desarrollo de una plataforma centralizada de datos ómicos en enfermedades autoinmunes para el descubrimiento de nuevos tratamientos y biomarcadores
Financiador: UNIVERSIDAD DE GRANADA
Expediente: B-CTS-40-UGR20
Cantidad total: 30.000,00 €
Tiempo ejecución: 01/07/2021 - 01/06/2023
IP: PEDRO CARMONA
FSE: SUBVENCIONES PARA LA CONTRATACIÓN LABORAL DE PERSONAL INVESTIGADOR QUE POSEA EL TÍTULO DE DOCTOR O DOCTORA EN EL CAMPO DE LAS CIENCIAS E TECNOLOGÍAS DE LA SALUD
Financiador: CONSEJERÍA DE SALUD Y FAMILIAS
Expediente: RH_0026_2020
Cantidad total: 170.109,00 €
Tiempo ejecución: 01/02/2021 - 31/01/2024
IP: ELENA CARNERO
MRR: Contratos Predoctorales de Formación en investigación en salud (PFIS)
Financiador: INSTITUTO DE SALUD CARLOS III
Expediente: FI22/00116
Cantidad total: 89.900,00 €
Tiempo ejecución: 01/02/2021 - 31/01/2024
IP: FRANCISCO PÉREZ CÓZAR
FSE: SUBVENCIONES PARA LA CONTRATACIÓN LABORAL DE PERSONAL INVESTIGADOR QUE POSEA EL TÍTULO DE DOCTOR O DOCTORA EN EL CAMPO DE LAS CIENCIAS E TECNOLOGÍAS DE LA SALUD
Financiador: CONSEJERÍA DE SALUD Y FAMILIAS
Expediente: RH-0039-2021
Cantidad total: 80.554,50 €
Tiempo ejecución: 01/02/2021 - 31/01/2024
IP: MARÍA MORELL HITA
Programa Emergia
Financiador: CONSEJERÍA DE UNIVERSIDAD, INVESTIGACIÓN E INNOVACIÓN
Expediente: EMC21_00357
Cantidad total: 157.008,00 €
Tiempo ejecución: 01/02/2021 - 31/01/2024
IP: ELENA CARNERO
Contratos como investigador para jóvenes doctores de la Junta de Andalucía convocado mediante Resolución de 21 de mayo de 2020
Financiador: CONSEJERÍA DE UNIVERSIDAD, INVESTIGACIÓN E INNOVACIÓN
Expediente: DOC_00160
Cantidad total: 84.558,00 €
Tiempo ejecución: 01/02/2021 - 31/01/2024
IP: DANIEL TORO DOMÍNGUEZ
JUAN DE LA CIERVA-INCORPORACIÓN
Financiador: MINISTERIO DE CIENCIA, INNOVACIÓN Y UNIVERSIDADES
Expediente: IJC2020-043364-I
Cantidad total: 97.800,00 €
Tiempo ejecución: 01/02/2021 - 31/01/2024
IP: GUILLERMO BARTUREN
Patologías renales en conectivopatías raras de origen autoinmune
Financiador: CONSEJERÍA DE SALUD Y CONSUMO
Expediente: PIER_0118_2019
Cantidad total: 69.000,00 €
Tiempo ejecución: 01/01/2020 - 01/12/2022
IP: CONCEPCIÓN MARAÑÓN
FEDER: El papel de genes de susceptibilidad al Lupus Eritematoso Sistémico en la Función molecular de una subpoblación Pro-inflamatoria de Linfocitos B
Financiador: CONSEJERÍA DE SALUD Y CONSUMO
Expediente: PE-0297-2019
Cantidad total: 194.370,50 €
Tiempo ejecución: 01/01/2020 - 01/12/2023
IP: MARTA ALARCON RIQUELME
3TR - Identification of the Molecular Mechanisms of non-response to Treatments, Relapses and Remission in Autoimmune, Inflammatory, and Allergic Conditions.
Financiador: COMISIÓN EUROPEA
Expediente: 831434-2
Cantidad total: 6.031.773,75 €
Tiempo ejecución: 01/09/2019 - 01/08/2026
IP: MARTA ALARCON RIQUELME

Patentes

Patentes del grupo de investigación

Título: Interacting Genes of BANK1
Autores (1er Apellido, Iniciales): Castillejo C, Delgado A, Alarcón M, Wojcik J
Solicitante: Merck Serono S.A.
Fecha Prioridad: 19/01/2012

Título: Un Método para la detección de la Interacción entre BANK1 y PLCG2 en la señalización celular
Autores (1er Apellido, Iniciales): Castillejo C, Bernal, M. Alarcón M
Solicitante: Consejería de Salud de Andalucía